A 40 éves szerb szakember 2017 nyarán vette át a Mol Fehérvár FC irányítását, ahol első idényében bajnoki címig vezette csapatát, majd a 2018-2019-es szezonban bejutott az Európa-liga csoportkörébe, ahol hét ponttal a harmadik lett. Marko Nikolics az elmúlt két és fél esztendőben 120 tétmérkőzésen irányította a fejér megyei gárdát, amellyel tavaly nyáron 2020 júniusáig hosszabbított szerződést. Az ide szezon nem indult jól a fehérváriak számára, akik szombaton 3-0-ás vereséget szenvedtek a Puskás Akadémiától. A Vidi jelenleg a tabella harmadik helyét foglalja el, három ponttal lemaradva a listvazető Ferencvárostól és előző öt fordulóban a megszerezhető 15 pontból csupán ötöt gyűjtött be.
A vezetőedző utódját egyelőre nem nevezte meg a klub vezetősége és további tájékoztatást sem adtak.