Az árván maradt gyermeket nagybátyja, Gyöngyösi Gusztáv zenetanár fogadta magához. A későbbiekben vezetéknevét megváltoztatta, nagybátyja után a Gyöngyösi nevet vette fel. Békéscsabán végezte el a középiskolát, majd Budapesten megkezdte egyetemi tanulmányait. Közben kitört az első világháború, s mint egyetemistát elvitték katonának.
Végigharcolta a háborút, amelynek utolsó szakaszában hadifogságba került az olasz hadszíntéren. 1919 szeptemberében került vissza Békéscsabára. Tanulmányait 1920-ban fejezte be, magyar–latin szakos oklevelet szerzett. Gyöngyösi János ismert személyisége volt Békéscsabának. 1921-ben könyv- és papírkereskedést nyitott a városban. A Békésmegyei Közlöny című napilap főszerkesztője volt. Az Aurora-kör tevékenységében is aktívan részt vett, szervezőként és előadóként. A kör célja az igényes kultúra terjesztése volt, Hangversenyt, képzőművészeti kiállítást szerveztek, az irodalmi tevékenységében meghatározó szerepe volt Gyöngyösi Jánosnak.
1931-ben belépett a Független Kisgazdapártba. 1944 decemberétől az Ideiglenes Nemzeti Kormány, majd a Tildy Zoltán és a Nagy Ferenc kormány külügyminisztere volt 1947 májusáig. Külügyminiszterként a Párizsi Békekonferencián 1945 augusztusában hevesen tiltakozott a szlovák-magyar "lakosságcsere-egyezmény” ratifikálása ellen. Az egyezményt 1946. február 27-én írták alá Budapesten, és május 14-én fogadta el a parlament. Az egyezmény értelmében a Csehszlovákiába önként áttelepülő magyarországi szlovákok számával megegyező számú magyart telepíthetett át a csehszlovák kormány Magyarországra. 1947. február 10-én pedig – Magyarországot képviselve, a békedelegáció elnökeként – aláírta a párizsi békeszerződést.
A Munkácsy Mihály Múzeum történeti gyűjteményében található Gyöngyösi János art deco stílusú tálaló szekrénye, amely múzeumunk állandó kiállításában látható, valamint gyűjteményünkben őrzünk egy róla készült olajfestményt, amit felesége ajándékozott a múzeumunknak.
Gyöngyösi János Békéscsabán az Andrássy út 5. szám alatt élt, az épület falán emléktáblaáll, melynek szövege: Ebben a házban lakott 1930–1948 között Dr. Gyöngyösi János külügyminiszter.
Gyöngyösi János súlyos gyomorvérzés következtében hunyt el Budapesten, 1951. október 29-én.
Forrainé Kovács Márta történész muzeológus
